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まっどさいえんちすと

日本語が苦手なのでブログで練習します。パエリアが大好き

マイクロバイオームとメタゲノム解析

今年二回目のポストです。寒すぎですね。

 

腸内細菌、細菌だけに細菌はやってますね。

http://www.nature.com/nature/journal/v489/n7415/full/nature11552.html

このレビューとか読むと面白いです。

腸内細菌が、脳、肝臓、自己免疫、すべてに何らかの影響を与えるということを示唆しています。

 

一方で、腸内細菌の研究で慎重にならなければいけないのは、腸内というのは外の世界であります。なのでメタゲノムというと、腸内から、その人の生活環境、国、食生活なども考慮しなければいけません。

 

日本人が海産物を食べているから、日本人の腸内にだけ存在する菌がいるという研究もあったりします。

 

また腸内細菌の全ての塩基配列を解読しても、果たして本当にそれだけ金をかけて得るものがあるのか。

例えば、塩基配列を全て読んでも、腸内にいる細菌がグラム陰性とグラム陽性の違いがありました。という程度の知見しか得られないとお金かけた意味ない!

という批判もあります。

 

と色々と難しいところですが、腸内細菌の研究は

1:どんな細菌が腸内にいるか、どれだけ種によって違うかということを知りたいもので

2:それにもかかわらず、依然として生活環境が個人の腸内細菌にどう影響をしているかという良い研究はあまりない。

という感じですね

 

さて腸内細菌のシークエンスを得ました。

1:Blast

2:系藤樹

3:Kmer-based アプローチ

3つくらいまず簡単に分析できることがあります。(CD-hitは忘れずに)

 

16sRNA系藤樹とか色々あります。

ツールの紹介とか今後して行きたいです。