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まっどさいえんちすと

日本語が苦手なのでブログで練習します。パエリアが大好き

PubMedをPythonのコマンドラインから検索

お久しぶりです。野菜をオーブンで焼いている間にブログ更新!っと。

 

プログラミングというと、情報学科系以外の人にとって大変敷居が高いと思われがちですが、数学と同じで、一つ一つやってけば、割と簡単です。更にイメージをプログラムが得意な友人から聞けば更に簡単です。例えばリーマン幾何学というと、非常に難解なイメージをお持ちでしょうが、これはようは、「地球を考えたとき、日本とブラジルで北を指し示すベクトルを用意したとき、これらのベクトルは平行になりますよね。しかし、これらのベクトルを北極まで持っていったらどうでしょう。それらのベクトルは反対方向を指し示ます。これがリーマン幾何学の一歩です」

 

とイメージをつかめばプログラミングなんて簡単なんです。そしていま、ビッグデータ時代を向かえ、われらが生物学でもバイオインフォ等々、騒がれています。正直、優秀な生物学者や医学者は、十分なバイオインフォを使いこなせています。バイオインフォで問題なのは、すべてのバイオインフォの底上げを行うことと、バイオインフォを先導する生物学者、医学者が少ないことです。

 

さて早速ですが、タイトルのように簡単にPubMedからデータを抜き取りましょう。

 

たったこれだけのコードです。これだけPubMedの癌に関する論文のデータを一部分取ってくることができました。

 

次回はこの説明をしていきたいと思います。

7分経過。まもなく野菜できあがり。