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まっどさいえんちすと

日本語が苦手なのでブログで練習します。パエリアが大好き

非コードDNA~ゲノム最後の砦

と甚だしいタイトルにしましたが、僕はこの分野に人生を注ぎたいくらい熱い分野ですね。非コードDNAはそれに値すると思います。

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非コードDNAの説明を簡単にしますと、文字通り遺伝子以外の領域です。タンパク質や機能を有するRNAとか作る配列以外のもの。これが面白いことに進化している生物程、非コードDNAの割合が大きい。

理由を申し上げると、ゲノム解析が進むに連れて、この非コードDNAが染色体維持や細胞特異性に大きく関わっているからです。

しかし全部の非コードDNAを相手に解析を始めるというのはなんとも、羅針盤を持たずに航海に出るようなもの、いくつかの指針を立ててから行った方が良いというのが、まあ分子生物学の当たり前の流れですね。

 例えば反復配列。実は非コードDNAの大部分は反復配列で示されてます。まあ問題的として「なんで反復してんの?」というのは妥当ですね。他にも実は非コードDNAはレトロポゾンの残骸とも言われてます。(レトロポゾンはRNAが再びDNAに入るために必要なトランスポゾン)。これも「なんで染色体に挿入することが多いの?」とも言えます。

 実は非コードDNA部分でわかってる機能というのは、反復配列やレトロポゾンのみで、その他当たり前ですが、機能が多くあると考えられています。意味不明な例としては、あるトリプレットの増幅数が少し違うだけで、神経疾患になる例(fragileX症候群)などがあります。

 

ここまで述べてきて、読者のみんなは「は?流れがよくわからん。生物学としてどういう意味でお宝で、何につながるの?」そう思った君。説明しよう。

まず非コード機能配列の抽出が鍵になります。その後、機能配列がクロマチン構造に何をしてるか、というのが重要になります。そしてその更にあと、クロマチン構造による非コードDNA間の動態ネットワーク解析が重要になります。さてネットワーク解析ができれば、非コードDNAがどういうようにして、病気につながるか、病態解析ができるようになります。

 

というのがプロセスだと思います。

僕はいまの研究室でマウスの転写因子ネットワークを書いてますが、この「同調的に、複製、凝縮、分配、この制御をするネットワークシステム」を解く鍵というのは、転写因子以外にあると思い始めました。

 

ここから僕が現在一人でやってるドライなアプローチの紹介、ありがたい時代ですね。「Non-coding RNA database」と調べれば、全部データ手に入るんですね。さて僕は今までピペットを握ったことがないのですが、その変わり大胆な仮説を立てることを目標にしています。例えば「非コード配列の反復配列の反復回数はランダムではない」という仮説を立てます。じゃあ次にその仮説を検定します。「反復回数はランダムである」という仮説を検定すれば良い訳です。よくやる手段は他の生物と比べる、とか、他の代謝経路と比べて相関がありそうな部分を調べてみる。とかですね。(これをバイオインフォとは言わないけど)

しかし最後に出てきたモデルを確かめるには、簡単なウェットな実験をしてみたいですが、それは得意な人に任せてしまおうというスタンスになってきてますね。

 

ゴールデンウィークみんな楽しんでください。

僕はバーベキューと、計量経済をあざ笑うことが予定です。(ウソです)