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まっどさいえんちすと

日本語が苦手なのでブログで練習します。パエリアが大好き

ENCODEプロジェクト(2)The accessible chromatin landscape of the human genome

新年明けましておめでとうございます。まだまだ未熟者ですが、今年もよろしくお願いします。

 

さて前回の流れをうけて、最新の網羅的ゲノム解析について紹介したいと思います。

(2012年9月に論文に出てるぐらいなので、正確には最新ではないですね。)

「網羅的解析」では、どのように転写が調節されるか、どの領域が転写を調節してるか、では組織特異的な遺伝子発現はどのくらいあるか、これらを知りたいわけです。

そのために鍵となる機能や形態がいくつかあります。

 

Dnase Ⅰ hypersenstive sites(DHS)です。これはDNaseⅠにより切断を受ける箇所のことです。網羅的解析はこのDHSを網羅的に調べ発現している部位を特定することにあります。また転写開始点(transcriptional starting site)TSSも重要です。

 あとChip-seqも重要ですが、こちらはググれば多く出てくると思うので、googleさんに譲ります。(この辺もおいおい説明していきます)

 

 

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はじめの論文は『The accessible chromatin landscape of the human genome』です。 

この論文の主旨はタイトル通り、ヒトのクロマチン形態の分析です。核内では色々な物質によりクロマチンの形が変わり、その変わり方により遺伝子ネットワークが大幅に、そして複雑に変化します。この論文は、「だったらとりあえずクロマチンが変わる原因箇所と主な原因物質の数とか場所を調べてみようぜ」ということです。

 

さて論文内容に入ります。125種類のヒト細胞に対してDNaseⅠとH3K4me3を用いてChip-seqを行います。平均で3000万タグほど行いました。これにより290万個近いDHSを同定しました。さて解析結果を簡単言えば、90%以上が遺伝子間、イントロン間に存在しました。他の領域のDHSでは細胞特異性がありました。

他にもこの論文では転写とメチル化の関係について言っています。結論から言えば、DNAのメチル化は受動的に行われます。(後ほど詳しく述べます)

 

もう一つかなり重要なことを言ってます。それは一つの遠いDHSが複数のプロモーターと関連し、ネットワークを形成しているということです。(ENCODEプロジェクトの最大のポイント)

 

はい、ではこのネットワークには、細胞特異的なもの、どの細胞にも共通なもの、パターン化されてるもの、区別などあるのでしょうか?。ENCODEの論文では、「結果を見る限り、パターン化されてるものはいくつかある、共通パターンは少ない。でも結果の数字でしか見れていない。細胞内全体を統一的に説明する研究はまだない」と言ったところです。

つまりさっぱりわからないということですね。

 

個人的にこの状態を理解する視点を2つほど思いつきました。

それはマルコフ性とウィナー過程、そして機械学習。話がまとめられたら、書いてみたいと思います。

 

疲れてしまった。。。祖父の家で暇でしたので書かせて頂きました。

自分の意見を書かずして、紹介的なブログを書く意味はあるのかな〜とふと思ったんですが、紹介を通して生物に興味を持ってもらったり、僕の日本語が上達したりと、一石2鳥ですね。

 

ご愛読ありがとうございます笑