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まっどさいえんちすと

日本語が苦手なのでブログで練習します。パエリアが大好き

Google Genomicsを紹介~その1

久々の更新でGoogle Genomicsを紹介してみたいと思います。

Google Genomicsは、全て遺伝子配列データをGoogleにcloud上で保存したりシェアしたりして、Big Queryを叩いてみましょうということです。

公式サイトでは

Google Genomics provides an API to store, process, explore, and share DNA sequence reads, reference-based alignments, and variant calls, using Google's cloud infrastructure.

と書いてあります。

f:id:keivard:20140804102038j:plain

既にGoogle側がデータとして1000Genome Projectと、Personal Genome Projectのvariant callされた結果などを提供してくれています。

(VCFとは、Variant Call Fileといって、変異を検出したリストファイル)

とりあえずそういう変異が大量に検出されるんですが、クエリを投げると数秒で帰ってくるのが最大のポイントですね。もう数秒。ほんと数秒。それでグラフまで出てくる。

クエリを投げるのも非常に簡単

投げたら下記のように可視化もできるわけです。

f:id:keivard:20140804102223p:plain

 

とここまでは、まあGoogle Genomicsを調べれば出てくる内容です。

 

とまあ例えば、ヒトのゲノムを解析している研究室では、ちょっと使うのに一番困るのが、VCFファイルですら、cloundに上げられないです。。

 

あと基本的に単一遺伝子で疾患を起こす常染色体劣性遺伝子、常染色体優性遺伝子というのは、もう90%以上発見されてしまっていて、variant callのリストだけ見ていて怪しい遺伝子を発見するなんてことは、もうありえないでしょう。

その点Google Genomicsは、大量の変異を検出するだけではなく、その後いろいろと分析にまわせそうなので、組み合わせると便利だと思います。(次のブログで実践してみたいかも)

 

あと基本的にDeNAなど遺伝子解析サービスを始めようとしていますが、Common Variant, Low-Frequencyという概念があまり知られてないように思います。

f:id:keivard:20140804102216j:plain

 

MAF値とは、Minor Allele Frequencyのことで、ようは、どれだけ珍しい変異か、ということ。

求め方は、こちらとかを参照してください

 

この図の見方は簡単で、

めずらしい変異で大きな影響を与えるケースが左上です。

Rare Disease, Rare Variantと言われます

 

一方右下は、よくある変異だが小さな影響しか与えないケースです。

Common Diesease , Common Variantと言われます。

 

遺伝病、先天性筋ジストロフィーなどは、左上です。

一方で右下は、高血圧、糖尿病、アトピー性皮膚炎など発生頻度の高い疾患が当てはまります。

f:id:keivard:20140804103443g:plain

(From ここ)

上の図が今までとってきたアプローチということです。

 

GWASはご存知のようにあまりうまく行きませんでした。その辺の話は次ですね。

今日は、Google Genomicsの紹介だったんですが、紹介したかったことは。

  • Google Genomicsは爆速
  • しかし倫理上の問題をどう解決するか
  • ただVariant Callのリストを見るだけではなく、いろんな手法とBig Queryを組み合わせれば面白いことができそう
  • Common Disease とCommon Variantの考え方の紹介。
  • 単一遺伝子変異の発見する時代はもう終わり
  • 相変わらずまとまってないブログで反省すぎる。

 

 

 

 

Helen Merrill

最近音楽の紹介しかしてないですね、しかも小学生でも言えるような感想だなと笑

 

Heen Merrillはニューヨークのため息と言われていますが、その意味する所が、ちょっとまだ僕は理解できていない気がします。

 


Helen Merrill with Clifford Brown / You'd Be So ...

コロンビアといえばShakira

前回の記事もShakiraだったのですが、明日は日本とコロンビアの試合なので、ここでコロンビア出身の歌手、Shakiraの僕が好きな曲をご紹介致します。

 


Shakira - Waka Waka (This Time for Africa) (The ...

これが1番有名な気がします。前回のワールドカップでしたね。

 


Shakira - Addicted to You - YouTube

これもモガく感じが良いですね。

 


Shakira - Loca (Spanish Version) ft. El Cata - YouTube

楽しく滑り出したくなるような曲ですよね

 


Shakira - Did it Again - YouTube

Shakiraに共通して好きなのは、力強く透き通った声が好きです

この曲は、速いテンポでも、それが感じられて良いです。

 


Pitbull - Get It Started ft. Shakira - YouTube

これはPitbullも入ってますが、Shakiraの力強い、生きる力強さみたいなのを感じます。

 

ワールドカップですね

ワールドカップと言えば、サッカー以外にもう一つ。Shakiraです。

 

あまり日本では流れていないようですが、Shakiraのこの曲がオフィシャルソングらしいです。


Shakira - La La La (Brazil 2014) ft. Carlinhos Brown ...

 

これ素敵ですよね。

Globe Faceの写経

http://www.dailymotion.com/video/x396fy_globe-face_music

 

太陽が飲まれてく

夜がときどき強がり

晴れた日は月明かり

自分の逃げ道を知っている

 

らーららららーらららーららららーらららーらららーららーらららー

反省は毎日で

悔やまれることが多すぎて

青春が消えてゆく

でも情熱はいつまでつづくの

 

少しくらいはきっと役に立ってる

でもときどき自分の生き甲斐が消えて行く、内定足り、吠えてたり、かみついてたりし

そんなんあかりが女じゃない

 

鏡に映ったあなたと二人

情けないようでたくましくもある

顔を顔寄せ合い なぐさめあったらそれぞれ、玄関のドアを一人で開けようー

 

[ラップ聞き取り不可能]

 

どーもこーもない事情で疑う余地ない私たちの平凡でとがったところもない

こんな毎日じゃはじけようもないじゃない

 

経験がー邪魔をするー、ほらあの人の横顔を抱きしめてー

 

バス停でお喋りしている学生

明日のことは考えてはもちろんいるけど、切実さは比べないほど明るい

あの日の胸にはすぐ飛び込めない

 

 

鏡に移ったあなたと二人。情けないようでたくましくもある

顔と顔を寄せ合い、慰め合ったらそれぞれ

玄関のドアを一人で開けよう

 

道は死ぬまで続くよ

胸が苦しくて困るよね、ときめきあの人で決めたい決めたい

 

バスバス停でお喋りしている学生、明日のことを考えてももちろんいるけど、

切実さは比べようもないほど明るい。あの人の胸にはすぐ飛び込めない

 

鏡に映ったあなたと二人、情けないようでたくましくもある

顔と顔を寄せ合い、慰め合ったら、それぞれ

玄関のドアを一人で開けよう

フラメンコと阿波踊りに見る踊るというエロさ

こんばんわ。前向きに生きたいものですね。

 

先日徳島の阿波踊り会館に行ってきました。踊るという行為はエロスの象徴だと思っています。なのでてっきり阿波踊りの由来もそうかな、と思ったのですが、阿波踊り会館の説明には、豊作を願ったり、幸福なことがあると踊ったそうです。

 

しかしそれは口実で、基本的に踊るという行為にはエロスが伴うと思います。フラメンコはもともとジプシーの踊りでエロさが際立ってると思います。一方で阿波踊りも豊作の踊りと言いながらも、男女が間をくぐったり激しく動いたりして、そういう気持ちがないとは絶対に言えないと思います。

 

全てをエロ目線で見ているというわけではないのですが、エロスとはそういうものだと思ってます。

人類を含め、すべての生命ある存在が無関係ではいられない生命の誕生の根幹にあるもの。

賢者を愚者にかえるもの。最強のパワーですね。

エロスの歴史を見ると、例えば西欧に限定すると、

エロスはまず、神話では獣姦があり、ギリシャでは裸体、そして中世はキリスト教でエロスは迫害されてしまいましたが、その後のルネサンスでは視姦、とうとう色々な歴史があるわけです。

 

ちょっと続きは次回。

 

ドゥルーズの哲学原理の本

そろそろ暑くなってきましたね。

この前本屋でこの本を見つけたので、早速読みました。1年ぐらい前に発売してるらしい國分先生のご本ですな。

 

ドゥルーズの哲学原理 (岩波現代全書)

 

ジル・ドゥルーズの哲学は難解なことで知られていますが、僕もこの本に出会うまで、全く理解できていませんでした。

 

すごく丁寧な書き方で読者を混乱におとしめない先生は、素晴らしいです。

偉そうにされる哲学書の解説書よりは、ずっと紳士な態度に思えます。

 

概念を想像する哲学。少しだけ中身について紹介。

まず2章で出てくるカントの否定が圧巻だと思います。

カントが導きだした人間理性を「無人島」の比喩を用いて否定します。

「無人島はただ人がいないだけで、無人島というわけではない。」

 

ドゥルーズは想定や前提を全く許さず、全ての発生の源に遡って考えました。

カントが頑張って神をも否定して、打ち立てた自らの自我ですら、ドゥルーズは前提条件とみなし批判をするのです。